De familia italiana, nació en Zaragoza (España) en 1737. Se hizo jesuita y empezó a trabajar en los apostolados de su Comunidad, especialmente en enseñar catecismo a los niños y a los presos.

En 1767 la masonería mundial se puso de acuerdo para pedir a todos los gobernantes que expulsaran de sus países a los Padres Jesuitas. El rey Carlos III de España obedeció las órdenes masónicas y declaró que de España y de todos los territorios de América que dependían de ese país quedaban expulsados los jesuitas. Con este decreto injusto le hizo un inmenso mal a muchas naciones y a la Santa Iglesia Católica.

El Padre José Pignatelli y su hermano, que eran de familia de la alta clase social, recibieron la oferta de poder quedarse en España pero con la condición de que se salieran de la Compañía de Jesús. Ellos no aceptaron esto y prefirieron irse al destierro. Se fueron a la Isla de Córcega, pero luego los franceses invadieron esa isla y de allá también los expulsaron.

En 1774 Clemente XIV por petición de los reyes de ese tiempo dio un decreto suprimiendo la Compañía de Jesús. Como efecto de ese Decreto 23,000 jesuitas quedaron fuera de sus casas religiosas.

El Padre Pignatelli y sus demás compañeros, cuando oyeron leer el terrible decreto exclamaron: "Tenemos voto de obediencia al Papa. Obedecemos sin más, y de todo corazón".

Durante los 20 años siguientes la vida del Padre José y la de los demás jesuitas será de tremendos sufrimientos. Pasando por situaciones económicas sumamente difíciles (como los demás jesuitas dejados sin su comunidad), pero siempre sereno, prudente, espiritual, amable, fiel.

Se fue a la ciudad de Bolonia y allí estuvo dedicado a ayudar a otros sacerdotes en sus labores sacerdotales, y a coleccionar libros y manuscritos relacionados con la Compañía de Jesús y a suministrar ayuda a sus compañeros de religión. Muchos de ellos estaban en la miseria y si eran españoles no les dejaban ni siquiera ejercer el sacerdocio. Un día al pasar por frente a una obra del gobierno, alguien le dijo que aquello lo habían construido con lo que les habían quitado a los jesuitas, y Pignatelli respondió: "Entonces deberían ponerle por nombre "Haceldama", porque así se llamó el campo que compraron con el dinero que Judas consiguió al vender a Jesús.

Cuando los gobiernos de Europa se declaraban en contra de los jesuitas, la emperatriz de Rusia, Catalina, prohibió publicar en su país el decreto que mandaba acabar con la Compañía de Jesús, y recibió allá a varios religiosos de esa comunidad. El Padre Pignatelli con permiso del Papa Pío VI se afilió a los jesuitas que estaban en Rusia y con la ayuda de ellos empezó a organizar otra vez a los jesuitas en Italia. Conseguía vocaciones y mandaba los novicios a Rusia y allá eran recibidos en la comunidad. El jefe de los jesuitas de Rusia lo nombró provincial de la comunidad en Italia, y el Papa Pío VII aprobó ese nombramiento. Así la comunidad empezaba a renacer otra vez, aunque fuera bajo cuerda y en gran secreto.

El Padre Pignatelli oraba y trabajaba sin descanso por conseguir que su Comunidad volviera a renacer. En 1804 logró con gran alegría que en el reino de Nápoles fuera restablecida la Compañía de Jesús. Fue nombrado Provincial. Con las generosas ayudas que le enviaban sus familiares logró restablecer casas de Jesuitas en Roma, en Palermo, en Orvieto y en Cerdeña.

Ya estaba para conseguir que el Sumo Pontífice restableciera otra vez la Compañía de Jesús, cuando Napoleón se llevó preso a Pío VII al destierro.

El Padre Pignatelli murió en 1811 sin haber logrado que su amada Comunidad religiosa lograra volver a renacer plenamente, pero tres años después de su muerte, al quedar libre de su destierro el Papa Pío VII y volver libre a Roma, decretó que la Compañía de Jesús volvía a quedar instituida en todo el mundo, con razón Pío XI llamaba a San José Pignatelli "el anillo que unió la Compañía de Jesús que había existido antes, con la que empezó a existir nuevamente". Los Jesuitas lo recuerdan con inmensa gratitud, y nosotros le suplicamos a Dios que a esta comunidad y a todas las demás comunidades religiosas de la Iglesia Católica las conserve llenas de un gran fervor y de grandísima santidad.